水利部工程技術(shù)研究中心是國(guó)家水利科技創(chuàng)新體系的重要組成部分，水利部于1999年和2002年啟動(dòng)了水利部工程技術(shù)研究中心組建的試點(diǎn)工作，結(jié)合國(guó)家工程技術(shù)研究中心組建和世界銀行貸款長(zhǎng)江干堤加固項(xiàng)目實(shí)施，組建了國(guó)家節(jié)水灌溉北京工程技術(shù)研究中心（節(jié)水中心）和水利部防洪抗旱減災(zāi)工程技術(shù)研究中心（減災(zāi)中心）。兩個(gè)工程中心組建以來(lái)，在技術(shù)研發(fā)、成果轉(zhuǎn)化、人才培養(yǎng)以及運(yùn)行管理等方面都取得了顯著的成績(jī)，為部農(nóng)村水利工作和防洪抗旱減災(zāi)工作提供了有力的決策支持和科技支撐。為進(jìn)一步深化水利科技體制改革，推進(jìn)水利科技創(chuàng)新體系建設(shè)，水利部決定建設(shè)一批部級(jí)工程中心（水利部工程技術(shù)研究中心）和重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（水利部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室）。
2003年，發(fā)布了水利部工程技術(shù)研究中心和水利部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室建設(shè)與管理暫行辦法，啟動(dòng)了建設(shè)工作。
2004年，水利部評(píng)審、認(rèn)定了5個(gè)部級(jí)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（水利部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室），并給予基建支持。
2005年，經(jīng)科技部批準(zhǔn)，水利部第一個(gè)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，由河海大學(xué)和南京水利科學(xué)研究院聯(lián)合組建的水文水資源與水利工程科學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室正式開始組建，國(guó)家鼓勵(lì)部屬科研機(jī)構(gòu)與高校等聯(lián)合建設(shè)。
